1 - Primeiro acesse o módulo de Pedidos de venda:
2 - Depois de filtrar o pedido em questão, clique na engrenagem e depois em "Faturar NFS-e".
Para isto, o pedido precisa estar "Aprovado".
3 - Após clicar em "Faturar NFS-e", será exibido uma janela com as informações da nota fiscal de serviços.
Preencha os dados corretamente e clique em "Enviar".
4 - Após clicar em "Enviar", volte para tela inicial e clique no ícone de "NF-e de serviços".
5 - Pronto, sua nota foi emitida, verifique o status dela e depois faça o download.
6 - Se a nota apresentar algum erro na emissão, siga o artigo abaixo para corrigir e reenviar.
http://ajuda.flow2.com.br/faturamento/como-visualizar-erro-de-uma-nota-de-servico